Binali YILDIRIM 1994-2000 yılları arasında Türkiye Denizcilik İşletmeleri (İDO) Genel Müdürlüğü görevinde bulunmuştur.

Bu görevi sırasında başta İstanbul-Yalova ve Bandırma hatlarının açılarak, Adnan Menderes ve Turgut Özal hızlı feribotlarının sefere konulması olmak üzere İstanbul'a kazandırılan toplam 29 iskele/terminal, 22 deniz otobüsü ve 4 feribotla IDO'yu alanında dünyanın en büyük Şirketleri arasına soktu.

1999 yılında deniz toplu taşımacılığı ve turizme katkılarından dolayı uluslararası "Skal" kulübü tarafından verilen kalite ödülüne layık görüldü.

Binali YILDIRIM'ın İDO Genel Müdürlüğü sırasında yapmış olduğu değerli hizmetlerinin bazıları Şunlardır:

İstanbul Büyükşehir Belediyesi bünyesinde bulunan İDO'ya Avustralya'dan iki tane deniz otobüsü getirdi. Bu deniz otobüsleri 449'ar yolcu kapasiteli ve saatte 30,5 deniz mili hız yapabiliyorlar. 10,5 metre eninde ve 40.1 metre boyunda olan deniz oyobüsleri "sujeti sistemi" ile çalışıyorlar.

Avustralya'dan 60 metre boyunda ve 17,5 metre eninde olan, 450yolcu, 94 araç alabilen ve saatte yaklaşık olarak 34,5 deniz mili hız yapabilen çift katlı feribotları getirdi. Binali YILDIRIM alınan yeni modern deniz otobüslerinin İstanbul - Yalova hattında çalışacağını ve 3 saat olan ulaşım süresini 45 dakikaya düşüreceğini söyledi.

Türk yapımı olan deniz otobüsü Temel Reis 2 Pendik Tersanesi'nde 35 kişilik bir Mühendis ve işçi ekibi tarafından inşa edildi.

Projesi bir Norveç firmasına ait olan deniz otobüsü 35 metre uzunluğunda ve 400 yolcu kapasitesi bulunuyor. 10 ayda tamamlanan tekne tümüyle alüminyumdan oluşuyor ve 38 deniz mili hız yapabiliyor. Tekne'nin motorları ise Norveç'ten ithal edildi.

İstanbul trafiğinin denize kaydırılması konusunda çok önemli çalışmalarda bulunan Binali YILDIRIM bu amaçla 6 adet 350 kişilik, 2 adet 450 kişilik, 2 adet 94 otomobil ve 450 yolcu kapasiteli 10 adet yüksek hızlı katamaran tipi gemi ihalesini tamamladı.

İDO faaliyetine iki terminalle başlamış ve bu hizmet ağı 1994 yılında 9 terminale yükselmiştir. Binali YILDIRIM'ın göreve geldiği 1994 yılından sonra terminal sayısı 27'ye, gemi sayısı ise 4'ü hızlı feribot olmak üzere 24'e yükselmiştir